I'm afraid I can't agree with you.	Obwaiam się, że nie mogę sie z toba/Panem zgodzić. (formal)
I take your point, but	Rozumiem co masz na mysli, ale
I see what you mean, but	Wiem o co ci chodzi, ale
I'm not sure about that.	Nie jestem tego pewna.
I agree to some extent, but	Zgadzam się w pewnym stopniu, ale
there might be some truth in that, but	Może być w tym trochę prawdy, ale
I can't agree with that.	Nie mogę się z tym zgodzić.
I disagree.	Nie zgadzam się.
With all due respect	Z cały szacunkiem
You must be joking!	Chyba żartujesz!